Fundacja biskupa wrocławskiego Franciszka Ludwika von Neuburga. Kościół powstawał w l. 1690-93.
W 1695 roku został konsekrowany.
Natomiast wyposażanie kościoła trwało do 1702 roku. Dekoracja malarska na sklepieniu wraz ze sztukaterią daje jedno z najpiękniejszych wnętrz sakralnych na Opolszczyźnie przez, co ten barokowy kościół emporowo-bazylikowy podawany jest jako przykład wyjątkowej czystości stylowej i nazywany jest „Perłą śląskiej architektury”.
Nad portalem głównym wykonanym przez miejscowego kamieniarza Wacława Ledera umieszczono herb fundatora z inskrypcją, która brzmi: „Boskim cudotwórcom, biskupowi Mikołajowi z Myry
i Franciszkowi Ksaweremu, apostołowi krajów hinduskich wzniósł tenże Dom Boży od postaw w roku 1693 najczcigodniejszy i najdostojniejszy książę i pan, Franciszek Ludwik, biskup wrocławski, palatyn reński, książę Bawarii, Juellich, Cleve, Bergu, hrabia w Valdenz, Spanheim, Mark, Revensberg i Mors, pan na Ravenstein.”
Dekoracja malarska składająca się
z 39 fresków została wykonana przez nadwornego malarza Jana III Sobieksiego Karola Dankwarta. Freski prezentują m.in sceny z życia partonów kościoła św. Mikołaja
i Franciszka Ksawerego. Swoje ślady w otmuchowskim kościele pozostawił także jeden
z najsłynniejszych malarzy doby baroku na Śląsku zwany „Śląskim Rembrandtem” Michał Willmann. Jego autorstwa jest m.in obraz z ołtarza głównego „Św. Mikołaj błogosławiący rozbitków”.